История проекта

Вернуться к описанию более поздних версий

Версия 1.2.2 (Build23) (22-01-2014)

- обновлена утилита KeyGenerator (для ССТО MIG)>
- переход на QT4.8.5
- настройка профилей перенесена в плагины
+ пустой бланк для ВГВ
+ "гомология" заменена на "идентичность"
- bugfix 6948: спрятана команда "восстановить->оригинальный сайт"
- спрятан научный профиль - теперь он доступен только по отдельной ключевой позиции
- профиль Туберкулез обновлен под коммерческое использование
- упрощен инсталлятор (до 4-х) пунктов
- в профиле ВГВ база x02763 обратно включена для совместимости со старыми сиквенсами, но выключена из списка профилей
- упрощена архитектура профилей - основа профилей вынесена в plugin
- убран устаревший пункт меню "Регистрация", вместо него появился пункт "Руководство пользователя", запускающий нужное руководство
- исправлены телефоны тех.поддержки как на сайте deona.ru и в статусной строке
- bugfix 7214: ошибка выбора референса в английской версии DEONA 1.2.2 (build18)
- bugfix 2761: Появляется окно с ошибкой, если вставить ключ после открытия готового проекта
- оптимизирована работа с ключевыми позициями и позициями лицензий
+ помимо базовой лицензии ВИЧ на любой профиль добавлены три специфичные: протеаза и ревертаза, интеграза, тропизм
+ добавлена возможность генерации универсальной лицензии (на любой профиль)
- bugfix 3199, 3072, 2348 (падение при закрытии проекта)
- bugfix 6947 (детекция третичных и четвертичных пиков)
- дорусифицированы фильтры открытия файлов
- выпилен deona.key, потенциально решена проблема Win7
- bugfix 3146 (линейки в профиле ТБ)
- bugfix 6212 (выравнивание бланка по ширине в профиле ВГВ)
- bugfix 6211 (неверное отображение лицензии)
- bugfix 2348,3072,3199 (закрытие после сохранения)
- bugfix 6209 (неправильное толкование мутации M204S)
- обновлен Foxit до версии 6.12 и понижена версия Acrobat Reader до 9.5 для поддержки Windows XP SP2
- обновлены руководства пользователя и руководство по установке

Версия 1.2.2 (Build18) (30-08-2013)

- исправлен расчет гомологии (в английской версии - identity)
+ сделан профиль HBV для домента rt с логикой отчетов
- исправлены отчеты по английской версии для ВИЧ и для Гепатита В
- исправлены показания контроля качества
+ в CDF появился новый параметр IndelsAsProblem, по которому любые инсерции и делеции отображаются, как проблемы в сиквенсе
+ линейка в окне хроматограмм сделана убираемой (настраивается для профиля по заказу)
+ спрятано окно "консоль вывода"
- исправлен алгоритм интерпретации устойчивости для профиля Гепатит В
- исправлена работа в ситуации, когда загружается проект, но БД не установлена
- bugfix: 5893, 4303, 3768, 3341, 3340, 3339, 3337
- исправлена ошибка с БД Тропизм
- исправлена ошибка с переключением профиля
- исправлена ошибка с неверной загрузкой атипичных мутаций
- исправлена ошибка с детекцией позиции сдвига рамки
- исправлена ошибка профиля ВГВ

Версия 1.2.1 (build19) (05-04-2013)

+ переход на новую систему версионирования
+ первая реализация английской версии (шаблоны отчетов, вирусные базы)
- исправлен шаблон интегразы (русский)
+ убрана интерпретация препарата "делавирдин" и добавлена новая "рилпивирин"
- исправлена навигация по окну просмотра хроматограмм
- внесены исправления в руководство ВИЧ (от 22.02.2013)
- исправлен инсталлятор, чтобы не удалял папку projects при деинсталляции

Версия 1.0.1.8 (build12) (31-08-2012)

- исправлено зумирование - DN12 (общий зум + зум в дереве проекта)
+ окно хроматограмм включено в профиль ВИЧ - DN14
+ сделаны границы выделяемой области и более четким курсор - DN15
+ создана папка для проектов Деоны projects - DN13
+ в профиле ВИЧ показывается только один референс из найденных гомологичных - DN16
- bugfix: 1351, 932, 1362, 789, 1355
- исправлена область значимых мутаций в отчете ВИЧ - DN23
- решен DN18, осталось подумать, куда вынести настройки
+ в билеты вставлен штрихкод Code128 и апробирован на сканере штрихкодов
- потенциально исправлены проблемы с нажатиями кнопок во время сохранения
- скорректировано лицензионное соглашение на английском
- решены по плану DN19, DN21
- bugfix 1440, 1441, 1366, 2762, 3074, 3071, 1359, 2985, 1346, 2343, 1396
- внесены исправления в файл мутаций X02763 от 16.04 и скорректирован алгоритм для HBV
- исправлен polyscan, что приводило к неправильной работе с файлами от ABI3500
+ добавлено центрирование курсора при нажати кнопок вправо/влево
- bugfix: 3073, 3097, 2982
+ во всех отчетах, программном обеспечении и документации убраны упоминания об институте и тестовых наборах

Версия 1.0.1.7 (build16) (25-05-2012)

+ копирование всей консенсусной последовательности отдельной командой
+ переименован ген "gen120env" в "Тропизм ВИЧ"
+ при отсутствии соединения со Стенфордом выводится сообщение
+ bugfix: введено ограничение вводимых лицензий в ключ (20 штук)
+ bugfix: 645 Копирует в буфер обмена секретные сведения
+ добавлено в инсталлятор лицензионное соглашение с АО "РМБит" на английском языке
- bugfix: 792, 1113, 1116, 1372, 808, 797, 1409 + bugfix: 2763, 1365, 1354, 1350, 807, 1493, 696, 1409
- добавлена инструкция по установке
+ тип биоматериала можно вводить в бланке вручную
+ выбор пола в бланке заменен на радиокнопки

Версия 1.0.1.6 (build6) (30-03-12)

+ добавлена поддержка формата SCF3.0
+ скорректировано отображение значений качества пиков в окне хроматограмм
+ уменьшение числа сборок в ключе доведено до числа обрабатываемых за раз образцов
+ добавлено в инсталлятор лицензионное соглашение с АО "РМБит"

Версия 1.0.1.5 (build17) (09-06-11)

+ добавлен алгоритм дополнительной чистки концов хроматограммы по интенсивности (исправлены ошибки 746,938)
- удалена зависимость от VC2008 библиотеки времени исполнения и скорректирован инсталлятор
- исправлено отображение процента гомологии после построения проекта
- горячая клавиша для уменьшения зума заменена на Ctrl+U (было дублирование с открытием проекта)
- включено автоматическое отображение трансляции для гомологичного референса после выравнивания
- исправлено неприятное промелькивание главного окна в начале загрузки
- добавлена блокировка кнопки "Анализ" в процессе сборки проекта
- исправлен сборочный скрипт, чтобы драйвер SenseLock автоматически добавлялся в дерево диска

Версия 1.0.1.4 (build80) (23-04-11)

- исправлен баг с падением 909

Версия 1.0.1.4 (build79) (22-04-11) (требуется обновление ключей)

- исправлена инсталляция недостающих компонент сжатия (для создания DNZ)
+ доделана подсистема отчетов для ВИЧ (ошибки 579, 725)
- исправлена подсистема отчетов для гепатита В
+ скорректирована и встроена база для туберкулеза rpoB
+ добавлена генерация отчета врача для туберкулеза (PZA и rpoB)
+ добавлено указание Origin для CDS
- исправлена стартовая загрузка
- исправлены ошибки визуализации 739,396,588,674,348,300,338
- исправлена ошибка выравнивания 636
+ доработана система защиты и лицензирования, обновлены микропрограммы USB-ключей
+ разработан лицензионный вкладыш (лицензионный билет) ДЕОНА
+ создана утилита генерации лицензионных билетов
+ доработана отображение степени гомологии консенсуса с референсом
+ доработано выделение значимых областей гена (параметры LeftView и RightView в CDS)
+ написано и скорректировано руководство пользователя для профиля ВИЧ

Версия 1.0.1.3(build17) (18-03-11)

+ добавлена возможность сохранять проект Деона в виде одного файла (DNZ)
+ добвлен кэш последних открытых проектов (для типа DNZ)
+ добавлена возможность открытия зарегистрированных типов файлов (DNZ, DNA) по двойному щелчку
- исправлена ошибка отображения активной CDS для gen120env (прячется линейка)
- исправлена иконка построения отчета на иконку с графиком (буква m не прижилась)
- исправлены шаблон отчетов для гепатита В на новый
- исправлена ошибка сохранения персональных данных отчета в проект
- исправлены CDS для gen120env
+ введены две рабочие папки вместо одной - для сохранения данных и для загрузки данных

Версия 1.0.1.2(build22) (11-03-11)

+ оптимизирован профиль гепатита В
+ добавлена генерация отчета врача для гепатита В
- скорректирована база мутаций для HBV

Версия 1.0.1.1(build17) (8-03-11)

- оптимизирована внутренняя логика работы с мутациями
- отлажена генерация текстового отчета (Окно отчетов)
- отлажены линейки и их синхронизация

Версия 1.0.1.0(build16) (28-02-11)

+ добавлены нуклеотидные мутации всех возможных типов (полноценная версия)
- скорректировано позиционирование и детекция мутаций
+ добавлен профиль гена gp120env
+ убраны ограничения на наличие справочника мутаций (*.mut)
+ добавлен тип файлов DBI - информация о базе
+ перенесен выбор дефолтного референса из файла трансляций в файл DBI
+ доработан индекс профиля: справа теперь отображается информация о профиле жирным и по-русски
+ добавлена возможность задания координаты первого нуклеотида референсов (Origin)

Версия 1.0.0.9(build27) (16-02-11)

+ добавлена БД интеграза
+ добавлен отчет для БД интеграза
+ доработано переключение профилей (заработало полноценно)
+ добавлены аминокислотные мутации всех возможных типов

Версия 1.0.0.8(build40) (24-01-11)

+ добавлена и улучшена интеграция с ключами SenseLock
+ добавлены авторские права в About
+ добавлена интерпретация ВИЧ через Stanford (SIERRA)
+ доработан инсталлятор с включением драйвера SL
+ исправлен ряд недоработаок и ошибок

Версия BETA 1.0.0.7(build25) (17-09-10)

- исправлена инсталляция
+ добавлена стартовая страница

Версия BETA 1.0.0.7(build23) (10-09-10)

+ доделано окно контроля качества
+ добавлен профиль ВИЧ
+ добавлены отчеты для ВИЧ
+ переработан дизайн
+ добавлена загрузка хроматограмм по маске
+ добавлена автоматическое построение проектов после загрузки хроматограмм
+ добавлен ряд настроек
+ переход на новую, единую платформу разработки
- исправлены основные ошибки по гомологам

Версия BETA 1.0.0.7(build10) (26-07-10)

+ добавлена профилизация пользовательских интерфейсов
+ добавлена основа окна контроля качества QC

Версия BETA 1.0.0.7(build5) (14-07-10)

+ исправлена ошибка падения при загрузке

Версия BETA 1.0.0.7(build4) (09-07-10)

+ добавлен функционал по выявлению гомологичных референсов

Версия 1.0.0.6(build107) (24-06-10)

+ blast_sqmap встроен в проект и перекомпилирован под VC2003
- переделан инсталлятор под более логичную структуру, теперь базы включаются отдельно
- исправлена падение при нажатии на галочках сэмпла и хроматограммы в дереве проекта
- испрвленна небольшая ошибка с инсталляцией русскоязычной версии
- испрвленна небольшая ошибка при удалении образца в менеджере
- исправлена небольшая ошибка при отображении маски

Версия 1.0.0.6(build102) (26-04-10)

- исправлена проблема внесения неожиданных разрывов в хроматограммы (Error6 22-01-10, Error3 13-01-10)
- исправлена проблема в меню выбора активной CDS для референс-последовательности (Error1 16-12-09)
+ добавлена возможность переименования хроматограмм в менеджере проекта (Error1 18-12-09)
+ добавлены в инсталлятор необходимые библиотеки к новой версии blast_sqmap
+ добавлено редактирование командных строк ttuner и polyscan
+ добавлена возможность добавления хроматограмм после построения дерева polyscan (Feature1 & Error3 16-12-09 )
+ добавлена возможность слияния с другим построенным проектом и слияние образцов (Feature1 22-01-10 )
- исправлено и скорректировано построение дерева polyscan
+ добавлена линейка по белковым последовательностям
- добавлено сохранение выделенного CDS в файл проекта

Версия 1.0.0.6(build87) (17-03-10)

- исправлена ошибка чтения из FASTA имен последовательностей, содержащих пробелы - ошибка отображения выравнивания (Error1 10-01-10)
- Исправлена проблема переименования образцов (Error3 11-01-10)
- Исправлена проблема падения при вставке нуклеотидов, "G в 42 позицию" (Error5 11-01-10)
- исправлена проблема автоматического удаления пустых столбцов, состоящих целиком из делеций, при удалении хроматограмм (Error2 16-12-09)
- исправлена проблема с использованием русских букв в названии образцов (Error3 22-01-10)
- Исправлена проблема неправильного копирования выделенной последовательности в буфер (Error1 24-01-10)
- Исправлена проблема завешения переименования, чтобы не обязательно было попадать мышкой (Error3 20-01-10)
- Исправлена проблема выравнивания "две полосы на форезе" (Алексей)
+ Файлы 'ab1' до выравнивания кладутся в папку проекта, что делает любой проект переносимым на другие компьютеры
- Исправлена проблема падения при переименовании образца (Error1 22-01-10)
- Исправлено позиционирование окон при клике на окно с мутациями (Error1 11-01-10)
- Исправлена проблема блокирования кнопки "построения проекта Polyscan" после загрузки файлов (Error3 18-12-09)
- Исправлена проблема выбора "не той папки" (Error4 22-01-10)
+ В именах файлах пробелы заменяются на символы '_', что делает работу всех модулей корректным
+ Добавлены небольшие кнопки, позволяющие убирать линейки и горизонтальные полосы прокрутки

Версия 1.0.0.6(build79) (8-12-09)

+ Добавлено сохранение активной группы мутаций в проект
+ Добавлены полноценное редактирование последовательностей, включая вставки и делеции
+ Добавлено сохранение данных о пиках (BQS,FPOLY) в некоторый промежуточный текстовый формат (CHR)
+ При выделенном консенсусе при установке TRIM, последний устанавливается на все хроматограммы (Addon1 05-07-09)
+ Добавлено удаление минорных сайтов и позиций TRIM
+ Добавлен выбор навигации по полиморфным позициям или по позициям, отличным от референс или измененным позициям
+ добавлен пункт меню Fix Changes, позволяющий снять отметку о редактировании последовательности
+ добавлен пункт меню Select All
+ Добавлен пункт меню Copy
- Исправлена проблема в определении критических мутаций (HBV-J2-437) (Error1 05-07-09)
- Исправлена проблема сохранения TRIM в проект (Error2 05-07-09)
- Исправлена ошибка проставления флага изменения при TRIM
- Исправлено падение при переключении баз
- Исправлены проблемы при сохранении сессии
- Исправлено отображение по хроматограмме при выделении sequence (Error1 09-07-09)
- Исправлена ошибка сборки консенсуса с учетом отрезанных хвостов (Error1 17-07-09)
- Исправлена проблема отображения пустого консенсуса (Error2 18-07-09)
- Исправлена проблема периодически возникающего ошибочного выбора базы (Error1 18-07-09)
- Исправлен ряд ошибок при редактировании последовательностей
- Исправлен ряд ошибок при работе с несколькими сэмплами
- Исправлена ошибка отображения хроматограммы в окне хроматограммы при редактировании (Error1 30-09-09)
- Исправлена недорусификация (Error2 30-09-09)
- Исправлена ошибка падения при закрытии проекта (Error3 30-09-09)
- исправлена ошибка с отображением Splash в режиме "Progress"
- Исправлены алгоритмы трансляции (Error1 27-10-09)
- Исправлены алгоритмы сборки консенсус-последовательности (Error2 27-10-09)
- Исправлено сохранение/восстановление сессии с восстановлением позиций ползунков и состояний референсов
- исправлена ошибка при генерации проекта Polyscan на другой диск (Колина проблема)
+ Добавлены команды ACGT - вкл/выкл каналов хроматограммы
+ Добавлены кнопки зум (зум+/зум-)
+ Добавлены команды выравнивания заголовка (по левому краю/по правому)
+ правая кнопка мыши - тултипы на X-аминокислотах с подсказкой альтернатив, а также на мутациях в окне мутаций
+ появилась контекстная подсказка - кнопка - можно нажать и навести на любое окно или кнопку
- исправлены ошибки с репортами
- появляется информационный мессадж-бокс при попытке исправить консенсус-последовательность
- исправлена неправильная отрезка концов (Катина проблема)
- Переработан интерфейс отображения хроматограммы так, чтобы заголовок не съезжал вверх и улучшено отображение
+ Улучшен общий дизайн программы, кнопок и Splash
+ Добавлен менеджер хроматограмм
- структура проекта остается при построении дерева полискан
- Кнопки "переместить вверх\вниз" теперь перемещают хроматограммы только в пределах образца, не меняя консенсуса

Версия 1.0.0.6(build26) - BETA - (20-08-09)

Версия 1.0.0.5(build34) (5-07-09)

- Подкорректировано выделение позиций справа налево
+ Добавлена поддержка формата ABIF
+ Добавлено управление несколькими образцами
- Исправлена ошибка трансляции (мутации, не приводящие к аминокислотной замене)
- Сохранение проекта в каталог с русскими буквами, а также именование образца русскими буквами
- Исправлено выделение делеций бледным цветом вне зоны TRIM
+ Запрещено редактирование последовательностей до выравнивания
- Исправлен алгоритм генерации отчета по мутациям
- Исправлена ошибка синхронизции скроллинга (Error1 26-06-09)
- Исправлена ошибка: в меню выбора базы в качестве активных референс-последовательностей предлагаются только те последовательности, которые есть в MUT файле (Error2 26-06-09)
- Изменен интеллектуальный модуль Mapping для адаптации к HIV-последовательностям
- Исправлена ошибка: запрещено раскрытие трансляции для референс-последовательностей, которых нет в CDF файле (Error3 26-06-09)
- Подправлен инсталлятор
- Добавлена поддержка компилятора VC2008
+ Добавлено поддерево множества референсов в дереве проекта
+ Добавлено сохранение/восстановление сессии (основные параметры окон)
+ Добавлена подкраска аминокислот, отличных от референс и попадающих в критические мутации

Версия 1.0.0.4(build44) (29-05-09)

+ Сделана возможность отката исправлений последовательностей (Undo/Redo)
+ Добавлена возможность ручной установки значений TRIM (клавиши 9,0)
+ Добавлена возможность выбора нескольких активных позиций
+ Добавлена возможность выбора всех полиморфных позиций для хроматограммы
+ Добавлена возможность удаления хроматограммы из проекта
- Исправлена ошибка транскрипции белков - кратные трем делеции (Error1 15-04-09)
- Исправлена ошибка очищения окна информации при создании нового проекта поверх открытого (Error2 16-04-09)
- Исправлена ошибка исчезновения окна прокрутки мутаций (Error3 16-04-09)
+ Добавлена возможность переключения между активными CDS через ComboBox
- Исправлена ошибка переключения между базами референсов (Error 1 19-05-09)

Версия 1.0.0.3(build73) (11-04-09)

- Исправлено несколько ошибок.

Версия 1.0.0.3(build72) (5-04-09)

+ Существенно переработан пользовательский интерфейс программы
+ Загрузка и создание дерева POLYSCAN (модули POLYSCAN, TRACETUNER)
+ Построение и редактирование консенсус последовательности
+ Конфигурационный файл программы
+ Трансляция консенсуса и референса тремя методами
+ Выбор БД референса и изменение значений порогов
+ Возможность генерации отчетов по трансляциям и значимым мутациям
+ Работа с проектом и сохранение/загрузка сессии проекта
+ Возможность работы с несколькими референсами одновременно
+ Поддержка формата PHD.1 и отсечка концов
+ Добавлено логгирование парсера конфигов
+ Добавлен формат описание трансляций (CDF)
+ Изменен формат описания критических мутаций (MUT)
+ Добавлены клавиши навигации курсора (влево/вправо)
+ Переработана система подсказок (подсказки аминокислот, пиков, мутаций)

Версия 1.0.0.2(build24) (12-12-08)

+ Русификация
+ Алгоритм сборки консенсус-последовательности

Версия 1.0.0.2(build23) (11-12-08)

+ Показ полиморфных позиций с фильтром
+ Загрузка каталога файлов со структурой polyscan
+ Встроены ЮПАК-коды
+ Выравнивание с переворачиванием последовательностей

Версия 1.0.0.1(build31) (17-11-08)

+ Отчетная демо-версия
+ Возможность работы с несколькими хроматограммами с возможностью редактирования и сохранения изменений
+ Реализовано в простом виде окно выравнивания
+ Возможность просмотра и редактирования консенсус-последовательности
+ Загрузка и просмотр референс-последовательности
+ Загрузка и редактирование полиморфизмов
+ Запуск модуля выравнивания для тестового примера

Версия 1.0.0.0(build21) (29-10-08)

+ Начата реализация основного интерфейса окна
+ Реализована загрузка и отображение SCF-файлов версии 2.0.

Версия 1.0.0.0(build1) (30-09-08)

+ Разработана базовая архитектура.
+ Построена инфраструктура проекта.
+ Собраны основные требования.

Вернуться к описанию более поздних версий